Guillaume II de Genève épouse en 1220 Alice de la Tour-du-Pin (vers 1195-1256), fille d'Albert II de la Tour-du-Pin et de Marie d'Auvergne. Leurs enfants sont :
Raoul ou Rodolphe Ier de Genève (1220-1265), Comte de Genève,
Henri de Genève (1230-1273),
Aimon ou Aymon de Genève, Chantre au chapitre de Genève,
Amédée de Genève, Évêque de Die,
Robert de Genève (1276-1287), Chanoine de Vienne, futur Évêque de Genève,
Guillaume de Genève,
Guigue de Genève,
Agathe, Abbesse de Mont.
