Ekkehard heiratete Richgard von Krain-Orlamünde, eine Tochter des Markgrafen Udalrich von Krain-Orlamünde. Aus der Ehe gingen drei Kinder hervor: Udalrich I. von Scheyern (ab 1130 Vogt von Freising) Otto V. von Scheyern (* 1083/1084; † 4. August 1156) Ekkehard II. von Scheyern († nach 1135)