Jan III van Egmont, (Hattem, 3 april 1438 – Egmond, 21 augustus 1516), bijgenaamd Manke Jan, was heer van Egmont, Baer, Lathum, Hoogwoude en Aarstwoude en heer van Purmerend, Purmerland en Ilpendam. Hij was ook stadhouder van Holland, Zeeland en West-Friesland.
Jan was de oudste zoon van Willem IV van Egmont en Walburga van Meurs. Zijn vader was de jongere broer en voornaamste raadgever van Arnold van Egmont, hertog van Gelre.
Net als zijn vader steunde Jan van Egmont de Bourgondisch-Habsburgse vorsten in de strijd om het hertogdom Gelre. Toen de Bourgondische hertog Karel de Stoute in 1473 de macht in Gelre verwierf, stelde hij Jan aan als baljuw van Zutphen. In 1474 werd hij tevens tot baljuw van West-Friesland benoemd. Eind juni 1474 werd hij bovendien gouverneur van Arnhem.
Omwille van zijn leiderschap van de Kabeljauwse factie (zie Hoeken en Kabeljauwen) werd Jan op 5 augustus 1483 door Maximiliaan I van Oostenrijk aangesteld als stadhouder van Holland, Zeeland en West-Friesland, een functie die hij bleef vervullen tot 19 november 1515, de datum waarop hij ontslag nam.
De goede verstandhouding met het Habsburgse huis bleek ook uit het huwelijk dat Jan in 1484 aanging met Magdalena van Werdenburg, een nicht van Maximiliaan van Oostenrijk. In 1486 werd Jan verheven tot graaf van Egmont. Dit hield in dat de heren van Egmont vanaf dat moment geen leenman meer waren van de graaf van Holland maar als rijksgraaf direct onder de keizer van het Heilige Roomse Rijk vielen. Hij werd in 1491 gekozen als ridder in de Orde van het Gulden Vlies.
In november 1488 brak in zijn territoir een Hoekse opstand uit in navolging van het Vlaams verzet tegen het regentschap van Maximiliaan I. De Jonker Fransenoorlog breidde zich vanuit Zeeland uit naar het zuiden van Holland, waar vanuit Rotterdam plundertochten werden gehouden. Jan omsingelde de stad en zette de vaarwegen af, waarmee hij de rust in de omgeving herstelde. Toen de Hoeken ten slotte de stad ontruimden, achtervolgde hij hen naar Zeeland, waar hij hen versloeg en daarmee een einde maakte aan de Hoekse en Kabeljauwse Twisten.
In 1491 werd Jan geconfronteerd met een boerenopstand in West-Friesland. De opstandelingen hadden het voorzien op de hoge belastingen, die zij door de economische crisis niet meer konden opbrengen. Het lukte de stadhouder niet het oproer met vage beloftes te bezweren. De burgers van Alkmaar voegden zich in 1492 bij de boeren en samen veroverden ze Haarlem.
Jan van Egmont riep de Hertog van Saksen te hulp. Deze stuurde een leger onder Witwolt von Schaumburg, dat de Westfriezen in Heemskerk in de pan hakte. Deze episode wordt de opstand van het Kaas- en broodvolk genoemd.
Enkele portretten van Jan van Egmont worden bewaard in het Rijksmuseum Amsterdam en het Centraal Museum te Utrecht. Een diptiek, geschilderd door de Meester van Alkmaar, waarop Jan samen met zijn echtgenote staat afgebeeld, wordt bewaard in het Metropolitan Museum of Art te New York.
Jan van Egmont was de vader van bisschop George van Egmont van Utrecht.
